1967 yılında İstanbul’da dünyaya geldi. İstanbul Robert Lisesi’nin ardından Boğaziçi Üniversitesi’nde bilgisayar mühendisliği ve fizik bölümlerinden mezun oldu. Aynı üniversitenin fizik bölümünde yüksek lisans eğitimi aldı ve asistanlık yaptı.
1991-1993 yıllarında Cenevre’de Avrupa Nükleer Araştırma Merkezi’nde Higgs bozonu üzerine çalıştı. Türkiye’ye döndükten sonra bir süre İstanbul’da Afrikalı göçmenlerle yaşadı. Fizik doktorası yapmak üzere Rio de Janeiro’ya giden Erdoğan, iki yıl sonra doktora çalışmasını yarıda bırakarak yazarlığı seçti ve iki yıl daha Güney Amerika’da kaldı.
1994’te ilk kitabı Kabuk Adam, 1996’da ilk öykü kitabı Mucizevî Mandarin yayımlandı. İsveç’te büyük yankılar uyandıran “Mucizevi Mandarin”, Mourakabi, Joyce Carol Oates ve Vaclav Havel ile birlikte yılın kitapları arasında yer aldı. 1997’de Deutsche Welle’nin düzenlediği yarışmada Tahta Kuşlar öyküsüyle birincilik ödülü aldı. Öykü, dokuz dile çevrildi.