Dört yaşındayken bir kaza geçirip bunun sonucunda çocuk felcine yakalandı. Terapi için Almanya’daki akrabasının yanına tedavi için yollandı. Tedavi ancak kısmen başarılı oldu.
El ve kollarını kullanabilmekle birlikte, o zamandan beri tekerlekli sandalyede oturmaktadır. 1975-1980 arası Güntürkün Bochum’daki Ruhr Üniversitesi’nde psikoloji tahsilini tamamlayıp 1984’te doktor ünvânını aldı.
Doktoradan hemen sonra Paris Üniversitesi ve San Diego Üniversitesi’nde çalıştı. 1988’de Konstanz Üniversitesi’nde bilimsel asistan oldu ve 1993’e kadar orada kaldı. 1992’de doçent oldu. 1993’te Ruhr Üniversitesi Psikoloji Fakültesi’ne çağrıldı.
2006’da Alman Tabiat Bilgini Akademisi Leopoldina’ya üye oldu. Prof. Dr. Güntürkün, 27 Kasım 2013 tarihinde Paris’te düzenlenen Expo 2020 adaylık sunumunda İzmir’i temsil eden kişilerden biri olmuştur.