1974 yılında Uşak’ta doğdu. 1985 yılında Ulucak İlkokulundan, 1988 yılında Uşak Halit Ziya Uşaklıgil Ortaokulundan ve 1991 yılında Uşak Lisesinden mezun oldu. 1995 yılında Selçuk Üniversitesi Eğitim Fakültesi Matematik Eğitimi Anabilim Dalından mezun oldu. 1998 yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Matematik Eğitimi Bilim Dalında Yüksek Lisansını ve 2003 yılında Gazi Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü Matematik Öğretmenliği Bilim Dalında Doktorasını tamamladı. 2011 yılında Matematik Eğitimi alanında doçent, 2016 yılında da profesörlük unvanını aldı.
Prof. Dr. Murat Peker’in Uluslararası indekslerde taranan hakemli dergilerde yayımlanan 19 makalesi, Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan 30 bildirisi, Ulusal hakemli dergilerde yayımlanan 25 makalesi, Ulusal bilimsel toplantılarda sunulan 8 bildirisi, 3 kitap bölümü, Milli Eğitim Bakanlığı tarafından basımı yapılan 6. sınıf ve 8. sınıf matematik ders kitaplarında yazarlığı ve editörlüğü bulunmaktadır. 2011-2017 yılları arasında Kuramsal Eğitimbilim Dergisi Editörlüğünü yapan Peker, çeşitli akademik dergilerde hakemlik ve yayın kurulu üyeliği görevlerini yürütmektedir.
Cumhuriyet Üniversitesi Eğitim Fakültesinde Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Bölüm Başkan Yardımcılığı, Afyon Kocatepe Üniversitesi Eğitim Fakültesinde Matematik Eğitimi Anabilim Dalı Başkanlığı, Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Bölümü Başkanlığı görevlerinde bulunan Peker, 2011-2017 yılları arasında Afyon Kocatepe Üniversitesi Eğitim Fakültesi Dekan Yardımcılığı, 2017-2019 yılları arasında da Eğitim Fakültesi Dekanlığı yapmıştır. 22 Nisan 2019 tarihinde Afyon Kocatepe Üniversitesi Rektör Yardımcılığına atanan Peker, evli ve 2 çocuk babasıdır.